- Tierra vasca, formada por La casa de Aizgorri (1900), El mayorazgo de Labraz (1903) y Zalacaín el aventurero (1909). Su unidad está dada por el ambiente. Zalacaín es, según Baroja, "la más pulcra y bonita" de sus novelas; cuenta las andazas de un típico "hombre de acción", personaje inolvidable, en medio de la última guerra carlista.
- La vida fantástica: Aventuras, inventos y mixtificaciones de Silvestre Paradox (1901), Camino de perfección (1902) y Paradox, rey (1906). En la segunda de estas obras, su protagonista, Fernando Ossorio, encarna la angustia existencial y el anhelo de hallar un sentido a la vida; junto a ello, incluye una visión muy noventayochista de las tierras de Castilla. Las otros dos novelas tienen como protagonista al insólito Paradox, simpático, anárquico, al margen de convencionalismos.
- La lucha por la vida: La busca (1904), Mala hierba (1904) y Aurora roja (1905). La primera es para muchos la obra más intensa del autor; su panorama de los barrios más míseros de Madrid es de un implacable y desolado realismo; su protagonista, Manuel, es una figura conmovedora, zarandeada por la sociedad.
- A La raza pertenece El árbol de la vida (1911), acompañada por La dama errante (1908) y La ciudad de la niebla (1909).
- Las ciudades: César o nada (1910), El mundo es ansí (1912) y La sensualidad pervertida (1920). Destaca la primera, cuyo protagonista, César Moncada, es el hombre enérgico que se enfrenta con el ambiente muerto y degradado de una ciudad provinciana, y terminará vencido.
- El mar: Se compone, excepcionalmente, de cuatro novelas: Las inquietudes de Shanti Andía (1911), El laberinto de las sirenas (1923), Los pilotos de altura (1929) y La estrella del capitán Chimista (1930). Es inolvidable la que inicia la serie, por el recio tipo de marino vasco que presenta y por las anécdotas o los personajes que componen un vivísimo ambiente marinero.
Otras obras
Baroja escribió, además, numerosos cuentos y novelas cortas (destacan los relatos incluidos en Vidas sombrías, 1900), varios tomos de ensayo, libros de viajes, biografías, e incluso varias obras dialogadas, de las que sólo algunas tiene carácter realmente teatral, de escaso interés. Escaso es también el valor de su único libro de versos, Canciones del suburbio (1944).
En cambio, son apasionantes sus Memorias, que llevan por título general Desde la última vuelta del camino. Son siete volúmenes que componen, en realidad, un largo soliloquio en que Baroja, con su característica independencia y su insobornable sinceridad, va acumulando recuerdos, juicios, opiniones estéticas, morales y de toda índole, un poco al hilo de la ocurrencia y con su habitual naturalidad expresiva. El conjunto es de enorme interés como testimonio de la personalidad del autor, entrañable y gruñón, y como panorama de toda una época.
Hay que insistir en que, por su idea de la vida y por la sinceridad con que ésta se refleja en su obra, Baroja es una figura sumamente representativa de la sensibilidad y del ambiente espiritual de su generación, con esa desazón y esos conflictos que los españoles compartieron con los escritores europeos de la misma época.
Por otra parte, Baroja es el novelista por antonomasia de la literatura española contemporánea, por sus dotes de narrador y por su capacidad de creación. La fuerza de su testimonio sobre la sociedad y el vigor de su estilo sobrio lo convirtieron en maestro de los novelistas de la posguerra: Cela, por ejemplo, ha proclamado muchas veces una "admiración de discípulo" ante el autor de El árbol de la ciencia.