De acuerdo con los sentimientos y temas dominantes podemos ordenar la poesía de fray Luis en varios planos coordinados:
- Plano horaciano, caracterizado por el ansia de retiro y el deseo de olvido de los combates del mundo, partiendo del sentimiento directo de la naturaleza: "Vida retirada", "Al apartamiento", "Al otoño". De Horacio toma también la estructura de algunas odas.
- Plano platónico-pitagórico, caracterizado por la vocación contemplativa, el sentimiento de la armonía del mundo y la visión del orden universal: "Noche serena", "A Felipe Ruiz", "A Francisco de Salinas", oda en la que acaso culmina el anhelo contemplativo del poeta, su sentimiento de la belleza pura.
- Plano místico-religioso: "Morada del cielo", "En la Ascensión".
Hay otras poesías de índole diferente: de inspiración moral, como "A Felipe Ruiz, sobre la avaricia", "Contra un juez avaro"; de tema patriótico, histórico y acento bíblico, como "Profecía del Tajo", "A Santiago"; de tema enteramente profano, como "De la Magdalena", "Las sirenas de Cherinto".
Esta clasificación subraya la existencia de dos movimientos anímicos, emocionales, complementarios, hacia el interior uno, hacia fuera el otro. El ansia de retiro y la necesidad de poner tregua al combate inspira un impulso horaciano hacia la vida interior. Pero ello no basta. Hay que buscar refugio no solamente hacia adentro sino también hacia las alturas, en la contemplación platónico-pitagórica. El universo es orden cifrado, armonía, música, belleza pura. Belleza que es bálsamo y da paz con tal que podamos alzarnos hasta ella.
El plano místico-religioso refleja claramente el hecho de que en esta búsqueda de la belleza Fray Luis encuentra un poderoso aliado en su profunda fe cristiana. No está solo en su búsqueda y en su desconsuelo, antes bien cuenta con la gracia divina, la más poderosa y eficaz ayuda que darse pueda.
El problema, tantas veces planteado, de si debemos considerar a Fray Luis como místico, ha recibido respuestas variadas. Por su parte, Dámaso Alonso acierta cuando escribe:
En algún instante, bien que por vía intelectual, llega al éxtasis... Si por misticismo entendemos el impulso místico, el ansia de elevarse a la unión con Dios, Fray Luis es místico, porque éste es el sentido de toda su poesía. Si entendemos la fusión con Dios tal como está intuida en Santa Teresa o en San Juan de la Cruz, nada más lejos del misticismo de nuestro poeta. Su posición es la del desterrado que mira con envidia los prados altos y cencidos.
En efecto, como también observa Ángel del Río, el sentimiento cardinal es, en su poesía, el de la "nostalgia del desterrado". Sin negarse a combatir en las duras batallas de la vida cotidiana, una y otra vez, en diversos tonos, a veces desolados, tristes, melancólicos, angustiados, otras con ferviente esperanza, canta una huida que es también un regreso al origen:
¿Cuándo será que pueda
libre de esta prisión volar al cielo...?
"A Felipe Ruiz"
Morada de grandeza,
templo de claridad y hermosura,
el alma que a tu alteza
nació, ¿qué desventura
la tiene en esta cárcel baja, escura?
"Noche serena"
Este doble movimiento, hacia el interior del alma y hacia el mundo sereno y ordenado, impregnado de esencia divina, constituye la melodía esencial. El contrapunto lo dan algunos poemas, morales, patrióticos, o reflejo del mundo clásico, que establecen con estos temas lo que podríamos llamar una "relación horizontal" entre el poeta y su sociedad, el poeta y una tradición clásica que forma también parte de su sociedad y su cultura, y viene así a contraponerse a la "relación vertical" de que antes hemos hablado. Más allá de los temas la inspiración y el estilo ayudan poderosamente a unificar toda la obra original. Como bien ha visto Ángel del Río:
Todas las poesías participan de un lirismo inconfundible y en todas la serenidad es resultado de un contenido palpitar humano; la imaginación está siempre sometida al espíritu, sirve de auxiliar, no de guía, a la voluntad de conocimiento, y la sabiduría, humanizada por el sentimiento, cae rara vez en lo didáctico. Es esa serenidad, conseguida a fuerza de combates y de elevación, la clave de la grandeza de fray Luis y de la gran atracción de su poesía, cuyo valor está por encima de las variaciones del gusto. Podrá haber momentos en que se prefiera, de acuerdo con las modas imperantes, a otros poetas -Garcilaso, Lope, Góngora-, pero el lirismo de fray Luis, como el de Jorge Manrique, halla siempre eco en el alma del lector. En ambos, poesía y sentido moral son inseparables.